北京欧林格生物科技有限公司

三保一敲减套餐(及经验总结)


siRNA“三保一”套餐内容:(HPLC纯化 )

产品说明

规      格

纯化方式

目的基因的siRNA oligos

3靶点

2 OD

HPLC

阴性对照siRNA oligos

1条

1 OD

HPLC

FAM标记阴性对照siRNA oligos

1条

0.5 OD

HPLC

RNAi阳性对照siRNA oligos

1条

0.5 OD

HPLC

套餐价格

1500



 

 

 

 

 

 

 

 

 

常见问题

实验问题

原因

推荐解决方法

  siRNA转染靶细胞后qPCR检测干扰效果不佳?

1)转染效率低

      2)本底表达丰度过低

   3)转染条件不佳

  1)  调整细胞状态,选择合适的转染试剂,可使用NC-FAM优化转染条件,转染效率要求在80%以上,转染效率低的考虑用慢病毒或腺病毒介导。

  2)本底表达丰度过低干扰效果会很不明显。建议更换细胞筛选靶点 3)调整siRNA与转染试剂的比例。

 

  siRNA转染靶细胞后WB检测干扰效果不佳?

 

 

         靶蛋白的半衰期长

 

 

   延长干扰收样时间或改用病毒介导或进行稳转筛选。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

     

 

         

 

 

 

实验注意事项:

1)本底表达检测:强烈建议做RNAi实验之前做一下目的基因的本底表达的检测,如果细胞内目的基因的表达量本身就非常低,不用敲就非常

非常低的基因,CT值30以上的基因几乎就不表达,不建议做RNAi

2)关于筛选:根据我司多年的经验,对于大部分的细胞,第一次筛选可以在12孔板,设置50nM的终浓度,转染三条siRNA和对照做筛选。

初筛没必要用太多量的细胞(有同学直接在6cm 皿里筛选,多浪费啊),也不用设置太多的浓度梯度和时间点等条件去优化。如果第一轮靶点敲减

效率达不到50%,可以再根据第一轮的实验结果,以敲减效率最高的靶点,进行浓度/收样时间/转染试剂比例

等条件去优化。

3)关于阳参:阳参的siRNA片段,是我司验证的已经文献支持的靶点序列。对于第一次做RNAi实验的同学,可以拿阳参练手。把细胞培养,转

染,定量等体系过一遍再去做正式实验。因为你很可能细胞养的很挫,转染试剂不合适,RNA抽提不好,反转录定量的体系不好,,,,,,

 

4)关于转染 :买个好的转染试剂。RNAimax/lipo3000/fugene等等。

 

siRNA使用说明书

产品简介:

常规化学合成 siRNA小分子RNA,已经经过纯化、退火等处理,只要用 DEPC 水溶解并配制成 20µM液体即可直接转染细胞。产品剂型为冻干粉,产品剂量经过严格测算,以摩尔数或者OD标明(1OD=3nmol≈40ug,以下内容都以摩尔数计算)。

保存和使用:

运输保存:

   产品以冻干粉的形式,常温运输,常温下一两周内稳定。收到产品后,请于-20℃至-80℃保存。 液体剂型:siRNA的贮存浓度一般为20µM,应避免反复冻融避免反复冻融(尽量不要超过5次),建议溶解后的产品分装保存分装保存分装保存,-20℃~ -80℃保存期不超过6个月。如果近期不做实验,产品需长期放置,最好以冻干粉形式保存。 冻干粉剂型在 -20℃~-80℃保存一年以上。开盖前,请先稍稍离心,将粉末收集于管底,再用DEPC水或灭菌 ddH2O,配制成20µM的液体剂型。

2 20μM储存液的配置参考

siRNA(nmol)

0.25

0.5

1

2

5

10

溶解体积(μl)

12.5

25

50

100

250

500

使用前须知

为避免外界因素(包括酶,极端pH或者温度条件等)导致产品降解,所有操作请严格遵循RNA操作规则。实验过程中,产品最好于冰上放置,使用完毕后请于-20℃~-80℃小心保存。

细胞实验方法

为了降低细胞密度、试剂用量,转染效率等因素导致的孔间差异,保证实验可靠性和可重复性,一般建议:

  1. 转染实验中每个转染样品至少设置3个以上复孔;
  2. 接种细胞时,每孔接种的细胞数量尽量保持一致,并且细胞在各孔的表面平均分布。
  3. 转染浓度:

siRNA产品最佳工作浓度因不同的细胞类型及研究目的而异。推荐初始转染浓度为50nM,转染后检测时间为24~72h。最佳转染效率一般通过设置时间曲线和浓度梯度进行优化,优化的范围建议为5~100nM。

  1. 转染步骤:

以lipofectamine™2000(简称lipo2000)转染siRNA于24孔板,转染浓度为50nM为例,其他规格容器转染请参考表2。

1) 转染前一天,接种适当数量的细胞至细胞培养板中,每孔中加入不含抗生素的培养基,使转染时的细胞密度能够达到30~50% (不同细胞生长速度不一样,因此,接种细胞的数量需要根据细胞培养的经验)。注意:转染时,细胞密度是影响转染效率的关键因素之一,细胞生长过度会削弱细胞活力,降低细胞的转染效率。

2) 对于每个转染样品,请按以下步骤准备siRNA-lipo2000混合液:

  1. 稀释siRNA:用50μl不含血清培养基Opti-MEM®Ⅰ(v1)稀释1.25μl 20μM的siRNA储存液,轻轻混匀,室温孵育5min;
  2. 稀释lipo2000:用50μl不含血清培养基Opti-MEM®Ⅰ(v1)稀释1μl lipo2000,轻轻混匀并室温孵育5 min;
  3. 将a与b轻轻混匀,室温孵育20min(溶液可能会有浑浊,但不会影响转染)。

注意:稀释好的lipo2000长时间放置可能导致转染试剂活性的降低,应尽量在25min之内与稀释好的siRNA混合。另在混合试剂时,请勿剧烈吹打或振荡,手指轻弹管壁即可,过度用力可能会破坏脂质体的结构,甚至影响siRNA-lipo2000混合物的形成。

3) 将siRNA-lipo2000混合液加入含有细胞的400μl培养基(v2)的培养孔中,轻轻混匀;

4) (可选)培养4~6h后,将孔中含siRNA-lipo2000混合液的培养基移去,更换新鲜培养基;

5) (可选)进行其他必要的特殊处理(如加药处理);

6) 将培养板置于37℃的CO2培养箱中培养24~96h (培养时间与实验目的相关)。

3 siRNA用量参考v1:Opti-MEM®I (无血清、无抗生素,转染专用);v2:完全或不完全培养基

培养板

每孔中总体积(v1+v1+v2)

siRNA终浓度

siRNA储存液

lipo2000

DNA共转染

96-well

100μl (25μl+25μl+50μl)

100nM

0.5μl

0.25μl

10~100ng

 

100μl (25μl+25μl+50μl)

50nM

0.25μl

0.25μl

10~100ng

 

100μl (25μl+25μl+50μl)

30nM

0.15μl

0.25μl

10~100ng

 

100μl (25μl+25μl+50μl)

20nM

0.1μl

0.25μl

10~100ng

 

100μl (25μl+25μl+50μl)

10nM

0.05μl

0.25μl

10~100ng

24-well

500μl (50μl+50μl+400μl)

100nM

2.5μl

1μl

100~200ng

 

500μl (50μl+50μl+400μl)

50nM

1.25μl

1μl

100~200ng

 

500μl (50μl+50μl+400μl)

30nM

0.75μl

1μl

100~200ng

 

500μl (50μl+50μl+400μl)

20nM

0.5μl

1μl

100~200ng

 

500μl (50μl+50μl+400μl)

10nM

0.25μl

1μl

100~200ng

12-well

1mL (100μl+100μl+800μl)

100nM

5μl

2μl

200~400ng

 

1mL (100μl+100μl+800μl)

50nM

2.5μl

2μl

200~400ng

 

1mL (100μl+100μl+800μl)

30nM

1.5μl

2μl

200~400ng

 

1mL (100μl+100μl+800μl)

20nM

1μl

2μl

200~400ng

 

1mL (100μl+100μl+800μl)

10nM

0.5μl

2μl

200~400ng

6-well

2mL (250μl+250μl+1500μl)

100nM

10μl

5μl

500~1000ng

 

2mL (250μl+250μl+1500μl)

50nM

5μl

5μl

500~1000ng

 

2mL (250μl+250μl+1500μl)

30nM

3μl

5μl

500~1000ng

 

2mL (250μl+250μl+1500μl)

20nM

2μl

5μl

500~1000ng

 

2mL (250μl+250μl+1500μl)

10nM

1μl

5μl

500~1000ng

*:实验参考用量示例; †:当实验涉及DNA共转时参考

  1. 效果检测:

转染完成后24~72小时均可进行siRNA沉默效果检测,最佳检测时间与细胞类型,转染试剂,检测目的等相关。

1) RNA水平的检测:mRNA是检测siRNA沉默效率的最佳指标,siRNA转染后24~72h即可检测到靶基因mRNA表达明显降低,检测方法宜采用qPCR检测方法。注:引物设计质量很重要;

2) 蛋白水平的检测:蛋白是RNAi沉默效率的重要指标,其检测手段主要为Western-blot等。检测时间受细胞内蛋白质表达量、半衰期等因素的影响,一般为48~96h,甚至更长时间之后多点采样;

3) 功能筛选:应用EdU细胞增殖、EdUTP细胞凋亡等检测方法进行siRNA对细胞功能的直接筛选。

注意事项:

FAM是一种绿色荧光基团,由蓝光激发,激发波长480nm,发射波长520nm。FAM-siRNA的转染过程和普通siRNA是一样的,注意整个实验过程要尽量避光,建议转染时室内和超净台内不要开灯。转染6小时后即可检测转染效率:流式细胞仪、荧光显微镜、激光共聚焦显微镜等均可。

如果您订购的是我司设计合成的“三保一套餐”产品,反馈实验结果时请务必提供FAM-siRNA组转染的荧光和白光图片,阳性参考组的敲减数据,及Target siRNA组定量PCR的敲减结果。

 

 

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腺病毒包装。腺相关病毒包装

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